Beloki, który nieco w cieniu walki Jana Ullricha z Lancem Armstrongiem był jedną z głównych postaci wyścigów etapowych na początku XXIX chciał sięgnąć po triumf w Wielkiej Pętli w roku 2003 jako lider drużyny ONCE. Był znakomicie przygotowany, był również zawodnikiem, który na początkowych etapach Toru 2003 regularnie atakował Amerykanina. Momentem, który załamał jego karierę był upadek podczas etapu prowadzącego do Gap (14.07.2003), kiedy to Beloki doznał poważnych urazów łokcia i biodra. Po ponad półrocznej rehabilitacji wrócił do ścigania we francuskiej grupie Briches la Boulangere. Nie zaadaptował się jednak we Francji, zmienił barwy na Saunie Duval. Tam jednak również nie zagrzał miejsca i powrócił do Manilo Saiza i grupy Libertyn Seguros. Tam jednak nie pełnił już roli lidera, gdyż tę pozycję zabrał dla siebie Roberto Heras. Ostatnim ważniejszym dokonaniem Belokiego była pomoc Herosowi w „wygraniu” Vuelty 2005, tyle tylko, że sam Heras został później zdyskwalifikowany.
Joseba Beloki jako zawodnik grupy Manilo Saiza był w 2006 roku podejrzany o stosowanie dopingu w związku z aferą Eufamiano Fuentesa, jednak został oczyszczony z zarzutów. Nie mogąc jednak powrócić do dawnej dyspozycji postanowił zakończyć sportową karierę.
Joseba Beloki zakończył karierę.
Kolejny wybitny baskijski kolarz zakończył karierę. Joseba Beloki, trzykrotnie stający na podium Tour de France, ostatni do tej pory kolarz, który zajął miejsce w pierwszej trójce dwóch wielkich tourów w jednym roku postanowił rozstać się z zawodowym sportem.
