Nibali uczestniczył w kraksie na 30 kilometrów przed metą, tej samej po której do szpitala odwieziony został Przemysław Niemiec (Lampre-Merida). Nibali długo czekał na nowy rower i stracił kontakt z czołówką, a potem długo musiał gonić rywali. Z pomocą kolegów przeskakiwał kolejne grupy, jednak na 16 kilometrów przed metą został już sam i musiał sam dyktować tempo w grupie pościgowej. Wtedy podjechał do niego samochód teamowy, którego Nibali się złapał i błyskawicznie pojechał do przodu, zyskując kilkadziesiąt metrów nad rywalami.
Sędziowie dopatrzyli się nieprzepisowego zachowania Włocha i wykluczyli go z wyścigu. „Film jasno pokazuje, że Nibali łapał się samochodu przez 100 metrów. Kara za to jest jedna, decyzją sędziów Nibali został wykluczony z wyścigu” – powiedział Bruno Valcic, główny komisarz wyścigu, „mogę tylko powiedzieć, że to była bardzo trudna decyzja, ale patrząc na wideo, mogliśmy nałożyć tylko jedną karę” – dodał.
Początkowo kierownictwo Astany chciało, by na Nibalego nałożyć karę dziesięciu minut, jednak sędziowie byli nieugięci. Dodatkowo dyrektor sportowy prowadzący wóz techniczny Astany, Alexander Szefer, został odsunięty od kolumny wyścigu i zdyskwalifikowany, a przez dwa kolejne dni kazachski zespół będzie miał jeden wóz techniczny mniej w kolumnie.