Popularny Kanibal dwa lata po zakończeniu kariery zawodowego sportowca rozpoczął tworzenie rowerów pod własną marką. Pierwsze jednoślady sygnowane jego nazwiskiem powstawały w miejscowości Meise nieopodal Brukseli. Fachu uczył się od Diego De Rosy, na którego rowerach ścigał się jako zawodnik. De Rosa był też odpowiedzialny za szkolenie personelu fabryki Merckxa - tuż po jej otwarciu włoski frame builder osobiście przyjechał do Belgii i szkolił pracowników. Ci zresztą byli nieprzypadkowi - sporą grupę stanowili kolarze i obsługa, którzy na przestrzeni lat stykali się z Merckxem w drużynie Molteni. Początkowo tworzono ramy ze stali, potem z aluminium i tytanu, a obecnie większość wyścigowych rowerów Merckx jest karbonowa, natomiast osobny odmian stanowi kolekcja rowerów stalowych.

Oczywiście - jak w przypadku większości firm - marki Merckx nie ominęły zmiany w strukturze właścicielskiej. Eddy sprzedał swoje wszystkie udziały w 2014 roku, a ostatecznie w 2017 firma trafiła pod skrzydła Race Productions NV, korporacji która jest posiadaczem choćby marki Ridley. Oferta marki Eddy Merckx zawiera rowery szosowe, gravel oraz kunsztowne - nawiązujące do szosowej klasyki - modele oparte o stalowe ramy.